Комплектование экипажей проводилось на добровольной основе и желающих попасть в «кругосветку» было очень много. Поэтому проводился тщательный отбор не только офицеров, но и матросов. В экспедиции приняли участие Ю.Ф.Лисянский, М. И. Ратманов, П. Головачев, Ф. Ф. Беллинсгаузен и др.

Плавание началось от причала Санкт-Петербурга. Через 10 дней корабли «Надежда» и «Нева» прибыли в Копенгаген. Затем была Атлантика. В ноябре 1803 г. впервые в истории русского флота наши корабли пересекли экватор. С этим знаменательным событием члены экипажа поздравляли друг друга. Но осталась за кормой Бразилия, а также невольничьи рынки на острове Св. Екатерины, которые неприятно поразили наших моряков.

В феврале после ремонта кораблей флотилия миновала мыс Горн и вышла в Тихий океан. Погода не благоприятствовала плаванию. Штормы сменились туманами, и корабли потеряли друг друга из вида. Ю.Ф.Лисянский, как было оговорено заранее, при возникновении подобной ситуации должен был идти к острову Пасхи, где кораблям надлежало встретиться. Но И.Ф.Крузенштерн взял курс на Камчатку, чтобы быстрее доставить туда грузы, а затем идти к Японии.

«Нева», руководимая Ю.Ф. Лисянским, несколько дней простояла у острова Пасхи, напрасно дожидаясь экипажа «Надежды». За это время Ю.Ф.Лисянский не только картографировал побережье и занимался промером глубин, но описал природные особенности острова, а также быт и нравы островитян.

Встреча с «Надеждой» состоялась на одном из Маркизских островов, где И.Ф.Крузенштерном были внесены значительные исправления и добавления в карты. В частности, он обнаружил, что Вашингтоновы острова «открывались» не менее пяти раз различными мореходами. У берегов Японии «Надежда» попала в жестокий шторм. Чудом уцелевший корабль в сентябре 1804 г. бросил якорь в порту Нагасаки.

Посольская миссия Н.П.Резанова оказалась безрезультатной. Япония была в то время еще «закрытой» для иностранцев страной, и власти наотрез отказались вступать с Россией в дипломатические отношения. Через неделю корабль был вынужден покинуть порт Нагасаки.

В нарушение японских запретов, «Надежда» прошла вдоль западного побережья японских островов, была сделана картографическая зарисовка их побережья и исправлены ошибки, допущенные до этого Лаперузом. Были попутно открыты почти не выступавшие из воды четыре острова, названные за их чрезвычайную опасность Каменными Ловушками.

Разгрузившись на Камчатке, корабль вновь вышел в путь. Он направился к Сахалину. Описав восточное побережье острова, И.Ф.Крузенштерн чуть было не открыл Амур и Татарский пролив, но мелководье помешало ему в этом. Он вынужден был считать, что Сахалин является полуостровом. Г.И.Невельской вскоре исправит эти ошибки.

А «Нева», подойдя к Гавайским островам, осуществляла наблюдения и описания этнологического характера. Подойдя к Русскому побережью Америки, узнали, что наша фактория на острове Ситка разгромлена индейцами. Группа колонистов просила о помощи, которая и была им оказана. На острове была заложена новая крепость, получившая название Ново-Архангельская. Более года «Нева» пробыла в прибрежных американских водах, а потом, взяв на борт груз пушнины, направилась в Китай. В ноябре 1805 г. на рейде Макао корабли экспедиции вновь встретились. Здесь было выполнено поручение Российско-американской компании: проданы меха и закуплены китайские товары.